Rapport d'analyse du marché mondial de la métagénomique basée sur le séquençage : taille, part de marché et tendances – Aperçu du secteur et prévisions jusqu'en 2033

Taille du marché de la métagénomique basée sur le séquençage

• Le marché mondial de la métagénomique basée sur le séquençage était évalué à 346,08 millions de dollars américains en 2025  et devrait atteindre  599,99 millions de dollars américains d'ici 2033 , avec un TCAC de 7,12 % au cours de la période de prévision.
• La croissance du marché est principalement due aux progrès des technologies de séquençage à haut débit, des outils bioinformatiques et à la baisse des coûts de séquençage, qui permettent une analyse complète des communautés microbiennes dans divers environnements.
• De plus, le développement des applications dans les domaines de la santé, de l'agriculture, de la surveillance environnementale et des biotechnologies, conjugué à la demande croissante de médecine personnalisée et de solutions microbiennes, positionne la métagénomique basée sur le séquençage comme un outil essentiel pour la recherche et les applications industrielles. L'ensemble de ces facteurs accélère l'adoption par le marché, contribuant ainsi de manière significative à la croissance du secteur.

Analyse du marché de la métagénomique basée sur le séquençage

• La métagénomique basée sur le séquençage, qui permet une analyse exhaustive des communautés microbiennes grâce au séquençage à haut débit et à la bioinformatique, est de plus en plus cruciale pour les applications dans les domaines de la santé, de l'agriculture, de la surveillance environnementale et des biotechnologies industrielles, en raison de sa précision, de son évolutivité et de sa capacité à découvrir de nouvelles fonctions microbiennes.
• La demande croissante en métagénomique basée sur le séquençage est principalement alimentée par les progrès des technologies de séquençage de nouvelle génération, la baisse des coûts de séquençage et le besoin croissant d'informations basées sur les données concernant les microbiomes pour la médecine personnalisée, le diagnostic des maladies et les solutions microbiennes.
• L'Amérique du Nord a dominé le marché de la métagénomique basée sur le séquençage, avec la plus grande part de revenus (39,8 %) en 2025. Cette domination s'explique par la forte présence de grands fournisseurs de technologies de séquençage, une infrastructure de recherche bien établie et d'importants investissements publics et privés dans la recherche en génomique et sur le microbiome, notamment aux États-Unis, où les secteurs de la santé et des biotechnologies stimulent fortement l'adoption de ces technologies.
• La région Asie-Pacifique devrait connaître la croissance la plus rapide sur le marché de la métagénomique basée sur le séquençage au cours de la période de prévision, en raison de l'augmentation des investissements dans la recherche, du développement du secteur des biotechnologies et de l'adoption croissante des technologies de séquençage avancées dans des pays comme la Chine, l'Inde et le Japon.
• Le segment des kits et réactifs a dominé le marché de la métagénomique basée sur le séquençage avec une part de marché de 38,9 % en 2025. Cette domination s'explique par le rôle essentiel de ces kits dans la préparation des échantillons, la construction des banques et l'extraction d'ADN/ARN microbien. Leur utilisation est en constante augmentation dans les laboratoires de recherche, les entreprises de biotechnologie et les établissements d'enseignement supérieur, en raison d'une demande soutenue et des progrès rapides de la chimie du séquençage.

Portée du rapport et segmentation du marché de la métagénomique basée sur le séquençage 

Tendances du marché de la métagénomique basée sur le séquençage

Intégration de l'IA et de la bioinformatique avancée pour l'étude du microbiome

• Une tendance majeure et en pleine accélération sur le marché mondial de la métagénomique basée sur le séquençage est l'intégration croissante de l'intelligence artificielle (IA) et des plateformes bioinformatiques avancées pour analyser plus efficacement et précisément les données microbiennes complexes. Cette fusion de technologies permet d'approfondir notre compréhension de la composition, de la fonction et des interactions microbiennes.
  • Par exemple, des plateformes telles que CosmosID et One Codex utilisent des algorithmes basés sur l'IA pour permettre l'identification rapide des agents pathogènes et le profilage fonctionnel des microbiomes, permettant ainsi aux chercheurs d'extraire des informations exploitables à partir de vastes ensembles de données.
• L'intégration de l'IA permet la modélisation prédictive du comportement des communautés microbiennes et facilite la détection d'anomalies dans les échantillons cliniques, environnementaux et industriels. Certaines plateformes peuvent suggérer des cibles microbiennes pour des applications thérapeutiques ou de bioremédiation à partir des résultats de séquençage.
• L'intégration transparente des données de séquençage aux solutions bioinformatiques basées sur le cloud permet une gestion centralisée des jeux de données multi-omiques, permettant aux chercheurs d'analyser, de visualiser et d'interpréter les résultats de plusieurs projets à partir d'une interface unique.
• Cette tendance vers une analyse métagénomique plus intelligente, automatisée et évolutive redéfinit les attentes en matière de recherche et d'applications industrielles. Des entreprises comme QIAGEN et Illumina développent des plateformes dotées de capacités d'interprétation des données pilotées par l'IA, de flux de travail automatisés et de rapports en temps réel.
• La demande de solutions de métagénomique basées sur le séquençage et offrant une intégration de l'IA et des analyses avancées croît rapidement dans les secteurs de la santé, de l'agriculture et de l'environnement, car les organisations privilégient de plus en plus la précision, l'évolutivité et les informations exploitables.
• La collaboration croissante entre les fournisseurs de technologies de séquençage et les entreprises d'analyse de données en nuage permet une recherche collaborative en temps réel et à l'échelle internationale, accélérant les découvertes dans le domaine des thérapies basées sur le microbiome et des applications industrielles.

Dynamique du marché de la métagénomique basée sur le séquençage

Conducteur

Demande croissante de recherche sur le microbiome et de médecine personnalisée

• L'intérêt croissant porté à la recherche sur le microbiome, associé à l'adoption grandissante de la médecine personnalisée, est un facteur important de la croissance des solutions métagénomiques basées sur le séquençage.
  • Par exemple, en mars 2025, Diversigen a lancé un service complet de profilage du microbiome ciblant les applications de médecine de précision, ce qui devrait accélérer son adoption par le marché.
• Alors que les secteurs de la santé, de l'agriculture et des biotechnologies dépendent de plus en plus des connaissances microbiennes, la métagénomique basée sur le séquençage permet l'identification de marqueurs de maladies, de candidats probiotiques et de nouvelles enzymes, offrant ainsi une proposition de valeur convaincante par rapport aux méthodes de microbiologie traditionnelles.
• De plus, le besoin d'analyses rapides et à haute résolution des communautés microbiennes complexes stimule les investissements dans les plateformes de séquençage de nouvelle génération et de bioinformatique capables de traiter efficacement des ensembles de données à grande échelle.
• L'évolutivité des services de séquençage, combinée à la baisse des coûts de séquençage et à l'augmentation des financements de la recherche, facilite une adoption plus large dans les milieux universitaires et industriels.
• L'intégration des données de séquençage aux initiatives de médecine de précision, aux programmes d'optimisation agricole et aux applications industrielles du microbiome est un facteur clé qui favorise l'adoption des solutions métagénomiques à l'échelle mondiale.
  • Par exemple, la tendance croissante des recherches sur les thérapies basées sur le microbiome et les probiotiques en Asie-Pacifique crée de nouvelles opportunités de marché pour les services de séquençage.
• La collaboration entre les entreprises pharmaceutiques et les fournisseurs de services de séquençage pour développer des traitements ciblés basés sur le microbiome stimule la demande de solutions métagénomiques spécialisées.

Retenue/Défi

Complexité des données et obstacles à la normalisation

• Le volume massif et la complexité des données de séquençage métagénomique posent des défis importants en matière de traitement, d'interprétation et de stockage des données, ce qui peut freiner leur adoption par le marché.
  • Par exemple, des incohérences dans la préparation des échantillons, les protocoles de séquençage et les chaînes de traitement bioinformatiques entre les laboratoires peuvent entraîner une variabilité des résultats du profilage microbien, affectant la reproductibilité et la fiabilité.
• Les exigences élevées en ressources de calcul, les compétences analytiques pointues et la nécessité d'une infrastructure robuste, qu'elle soit basée sur le cloud ou sur site, rendent difficile l'adoption de solutions métagénomiques basées sur le séquençage pour les petites structures de recherche ou les startups.
• Bien que des plateformes telles qu'Illumina BaseSpace et MG-RAST offrent des processus standardisés, l'absence de lignes directrices et de cadres réglementaires universels pour l'analyse métagénomique clinique et industrielle demeure un obstacle.
• Le coût relativement élevé du séquençage complet et de l'analyse des données, en particulier pour les études longitudinales ou à grande échelle, peut limiter l'adoption dans les régions aux ressources limitées ou pour les organisations dont le budget est restreint.
• Le dépassement de ces défis grâce à des protocoles standardisés, des plateformes analytiques conviviales et des solutions de séquençage rentables sera essentiel à la croissance durable du marché de la métagénomique basée sur le séquençage.
  • Par exemple, les préoccupations liées à la confidentialité et à la conformité des données dans les applications cliniques peuvent ralentir l'adoption en raison de considérations réglementaires et éthiques entourant les données du microbiome humain.
• Le manque d'interopérabilité entre les différentes plateformes de séquençage et les logiciels de bioinformatique peut entraîner des inefficacités dans les flux de travail et des retards d'analyse, ce qui constitue un défi supplémentaire pour leur mise en œuvre à grande échelle.

Étendue du marché de la métagénomique basée sur le séquençage

Le marché est segmenté en fonction du produit, de l'application et des utilisateurs finaux.

• Sous-produit

Le marché de la métagénomique basée sur le séquençage est segmenté, selon le type de produit, en kits et réactifs, services de séquençage et d'analyse de données, instruments, consommables et autres. Le segment des kits et réactifs a dominé le marché en 2025, représentant 38,9 % des revenus. Cette domination s'explique par son rôle essentiel dans la préparation des échantillons, l'extraction d'ADN/ARN microbien et la construction de banques d'ADN. La consommation récurrente de réactifs crée un cycle de demande continu, faisant de ce segment la catégorie la plus lucrative pour les laboratoires et les instituts de recherche. Les progrès constants des techniques de séquençage, tels que l'amélioration de la fragmentation enzymatique et les kits d'amplification à haut rendement, renforcent encore la position dominante de ce segment. Son adoption généralisée dans les applications métagénomiques environnementales, cliniques, agricoles et industrielles contribue également de manière significative à la stabilité des revenus. Enfin, le besoin croissant de kits standardisés et de haute qualité pour l'intégration multi-omique continue de stimuler la croissance de ce segment à l'échelle mondiale.

Le segment des services de séquençage et d'analyse de données devrait connaître la croissance la plus rapide entre 2026 et 2033, portée par le recours croissant des laboratoires à l'externalisation du séquençage et de la bioinformatique en raison du coût élevé des instruments et de la complexité de l'analyse des données. L'adoption croissante des plateformes métagénomiques basées sur le cloud et du profilage microbien amélioré par l'IA accélère la demande de solutions de services. Par exemple, de nombreux groupes de recherche privilégient les prestataires de services pour le séquençage shotgun, l'analyse des variants et l'annotation fonctionnelle en raison des délais d'exécution plus courts et de l'accès à des bioinformaticiens experts. L'expansion des bases de données microbiennes de référence et des outils d'apprentissage automatique pour l'identification des pathogènes stimule davantage l'adoption de ces services. L'utilisation croissante des services de séquençage dans la prise de décision clinique, la surveillance environnementale et l'agriculture devrait consolider la croissance rapide de ce segment.

• Sur demande

Selon l'application, le marché de la métagénomique basée sur le séquençage est segmenté en environnement, santé humaine, agriculture, biotechnologie, biocarburants et autres. Le segment environnemental a dominé le marché en 2025, porté par le besoin croissant d'analyser les communautés microbiennes des sols, de l'eau, des eaux usées et des écosystèmes marins. Les gouvernements et les institutions académiques intègrent de plus en plus la métagénomique pour la conservation de la biodiversité, la surveillance de la pollution et le suivi de la résistance aux antimicrobiens (RAM). La capacité de la métagénomique basée sur le séquençage à découvrir de nouveaux organismes et gènes fonctionnels la rend indispensable aux études écologiques et climatiques. Les projets à grande échelle sur le microbiome environnemental et les initiatives mondiales d'échantillonnage des océans continuent de stimuler la demande. L'intérêt croissant pour la bioremédiation, la résilience climatique et la restauration des écosystèmes renforce encore la position dominante de ce segment.

Le segment Santé humaine devrait connaître la croissance la plus rapide entre 2026 et 2033, portée par le rôle croissant de la métagénomique dans le diagnostic des maladies infectieuses, les thérapies basées sur le microbiome et la médecine personnalisée. Le séquençage métagénomique est de plus en plus utilisé pour la détection rapide des pathogènes en milieu clinique, notamment lorsque les méthodes de culture traditionnelles échouent. L'augmentation des investissements dans la recherche sur le microbiome intestinal accélère les développements dans les applications liées aux maladies métaboliques, neurologiques et immunitaires. L'essor des probiotiques de précision, des biomarqueurs microbiens et de l'analyse du microbiote fécal contribue également à cette adoption. Par ailleurs, les hôpitaux et les laboratoires de diagnostic intègrent la métagénomique, basée sur le séquençage, à la surveillance des épidémies et au profilage de la résistance aux antimicrobiens, ce qui alimente sa croissance rapide.

• Par les utilisateurs finaux

Le marché de la métagénomique basée sur le séquençage est segmenté, selon les utilisateurs finaux, en industries pharmaceutiques, entreprises de biotechnologie, laboratoires de recherche, laboratoires d'anatomopathologie, établissements d'enseignement et de recherche, et autres. Le segment des établissements d'enseignement et de recherche a dominé le marché en 2025, grâce à d'importants financements publics, à de solides programmes de séquençage universitaires et à des initiatives mondiales en cours sur le microbiome. Ces instituts sont les principaux utilisateurs du séquençage à haut débit pour étudier l'écologie microbienne, les microbiomes humains, le microbiote agricole et les souches microbiennes industrielles. L'adoption généralisée de la métagénomique dans la recherche fondamentale – notamment pour la découverte de nouvelles enzymes, de gènes de résistance aux antibiotiques et de voies métaboliques – renforce la position dominante de ce segment. Les universités du monde entier développent leurs plateformes de séquençage et leurs centres de bioinformatique, consolidant ainsi leur position de leader. Leur rôle dans la publication de recherches à fort impact et le développement de nouvelles méthodologies continue de stimuler la croissance du segment.

Le segment des entreprises de biotechnologie devrait connaître la croissance annuelle composée la plus rapide entre 2026 et 2033, portée par l'adoption croissante de la métagénomique pour l'ingénierie microbienne, la biologie synthétique, la découverte d'enzymes et le développement de bioproduits. Les entreprises exploitent les connaissances issues de la métagénomique pour développer des probiotiques, des biofertilisants, des produits chimiques biosourcés et de nouvelles thérapies dérivées de génomes microbiens. La commercialisation croissante des diagnostics et des thérapies basés sur le microbiome stimule également la demande du secteur. Les entreprises de biotechnologie investissent dans des flux de travail de séquençage automatisés, la bioinformatique basée sur l'IA et des plateformes d'optimisation des souches afin d'accélérer l'innovation. L'utilisation croissante de la métagénomique dans la biotechnologie industrielle, les bioprocédés environnementaux et l'agriculture de précision devrait encore alimenter la croissance rapide de ce segment.

Analyse régionale du marché de la métagénomique basée sur le séquençage

• L'Amérique du Nord a dominé le marché de la métagénomique basée sur le séquençage, avec la plus grande part de revenus (39,8 %) en 2025. Cette domination s'explique par la forte présence de grands fournisseurs de technologies de séquençage, une infrastructure de recherche bien établie et d'importants investissements publics et privés dans la recherche en génomique et sur le microbiome, notamment aux États-Unis, où les secteurs de la santé et des biotechnologies stimulent fortement l'adoption de ces technologies.
• Les institutions de recherche, les entreprises pharmaceutiques et les sociétés de biotechnologie de la région accordent une grande importance à la précision, à l'évolutivité et à la richesse des informations fournies par les solutions de métagénomique basées sur le séquençage pour les applications dans les domaines de la santé, de l'agriculture et de l'industrie.
• Cette adoption généralisée est également soutenue par d'importants financements publics et privés, un écosystème génomique bien établi et la présence de fournisseurs de technologies de séquençage de pointe, faisant de l'Amérique du Nord un pôle de recherche en métagénomique, tant académique que commerciale.

Aperçu du marché américain de la métagénomique basée sur le séquençage

Le marché américain de la métagénomique, basé sur le séquençage, a généré 42 % des revenus en 2025, grâce à d'importants investissements dans la recherche en génomique, la médecine de précision et l'étude du microbiome. Chercheurs et entreprises de biotechnologie privilégient de plus en plus l'analyse microbienne à haute résolution pour faire progresser les thérapies, les diagnostics et les applications agricoles. L'adoption croissante des plateformes de séquençage de nouvelle génération, associée à la bioinformatique avancée et à l'analyse de données dans le cloud, stimule davantage ce marché. Par ailleurs, les collaborations entre entreprises pharmaceutiques et fournisseurs de services de séquençage pour développer des traitements ciblés basés sur le microbiome contribuent significativement à son expansion.

Aperçu du marché européen de la métagénomique basée sur le séquençage

Le marché européen de la métagénomique, grâce au séquençage, devrait connaître une croissance annuelle composée (TCAC) importante tout au long de la période de prévision, portée par un financement public conséquent de la recherche sur le microbiome, des cadres réglementaires rigoureux et une demande croissante de médecine personnalisée. L'urbanisation croissante et l'adoption de technologies de séquençage avancées stimulent la croissance du marché. Les institutions de recherche et les entreprises de biotechnologie européennes exploitent les solutions métagénomiques pour des applications dans les secteurs de la santé, de l'agriculture et de l'environnement, avec une intégration significative dans la recherche académique et les projets industriels.

Aperçu du marché britannique de la métagénomique basée sur le séquençage

Le marché britannique de la métagénomique basée sur le séquençage devrait connaître une croissance annuelle composée (TCAC) remarquable au cours de la période de prévision, portée par l'intérêt croissant porté aux thérapies et applications agricoles fondées sur le microbiome. La sensibilisation accrue à la santé du microbiome et l'adoption généralisée des solutions de laboratoire numériques incitent les organismes de recherche, tant académiques qu'industriels, à investir dans les services de séquençage. Le solide écosystème de recherche britannique, conjugué aux financements publics et privés alloués aux initiatives en génomique, devrait continuer à stimuler la croissance du marché.

Aperçu du marché allemand de la métagénomique basée sur le séquençage

Le marché allemand de la métagénomique basée sur le séquençage devrait connaître une croissance annuelle composée (TCAC) considérable au cours de la période de prévision, portée par l'augmentation des investissements dans la recherche en biotechnologie, la médecine de précision et les applications industrielles du microbiome. L'infrastructure de recherche avancée de l'Allemagne et son orientation vers l'innovation favorisent l'adoption de plateformes de séquençage à haut débit et de solutions bioinformatiques. L'intégration de la métagénomique basée sur le séquençage aux plateformes d'automatisation de laboratoire et d'analyse de données se généralise, en phase avec les priorités de la recherche industrielle et académique locale.

Aperçu du marché de la métagénomique basée sur le séquençage en Asie-Pacifique

Le marché de la métagénomique basée sur le séquençage en Asie-Pacifique devrait connaître la croissance annuelle composée la plus rapide (25 %) entre 2026 et 2033. Cette croissance est portée par l'augmentation des investissements en R&D, le développement des secteurs biotechnologique et pharmaceutique, et l'adoption de technologies de séquençage avancées dans des pays comme la Chine, le Japon et l'Inde. Les initiatives gouvernementales en faveur de la médecine de précision, de la recherche sur le microbiome et des laboratoires numériques stimulent également cette adoption. Par ailleurs, la présence croissante de prestataires de services de séquençage et de plateformes bioinformatiques dans la région améliore l'accessibilité et le coût de ces technologies pour les institutions de recherche et les applications industrielles.

Aperçu du marché japonais de la métagénomique basée sur le séquençage

Le marché japonais de la métagénomique, porté par le séquençage, connaît une forte croissance grâce à un écosystème de recherche avancé, une culture high-tech et un intérêt marqué pour la médecine de précision. Les institutions de recherche et les entreprises de biotechnologie japonaises privilégient l'analyse microbienne exhaustive pour les applications dans les secteurs de la santé, de l'agriculture et de l'industrie. L'intégration des technologies de séquençage à la bioinformatique en nuage et aux systèmes de laboratoire automatisés stimule cette croissance. Par ailleurs, les collaborations entre les entreprises pharmaceutiques et les fournisseurs de services de séquençage dynamisent la demande de services de métagénomique spécialisés, tant dans le secteur de la recherche privée que commerciale.

Aperçu du marché indien de la métagénomique basée sur le séquençage

Le marché indien de la métagénomique, porté par le séquençage, a représenté la plus grande part de revenus de la région Asie-Pacifique en 2025, grâce à l'expansion du secteur biotechnologique du pays, à l'augmentation des investissements en R&D et à l'adoption généralisée des technologies de séquençage avancées. L'Inde s'impose comme un pôle majeur de la recherche sur le microbiome et des applications de la microbiologie industrielle. La progression vers une médecine de précision, l'accessibilité des services de séquençage et le développement des collaborations entre les prestataires de services de séquençage nationaux et internationaux sont autant de facteurs clés de la croissance de ce marché en Inde.

Part de marché de la métagénomique basée sur le séquençage

L'industrie de la métagénomique basée sur le séquençage est principalement dominée par des entreprises bien établies, notamment :

• Illumina, Inc. (États-Unis)
• Thermo Fisher Scientific Inc. (États-Unis)
• Oxford Nanopore Technologies plc (Royaume-Uni)
• Groupe BGI (Chine)
• QIAGEN (Pays-Bas)
• Agilent Technologies, Inc. (États-Unis)
• GENEWIZ (États-Unis)
• Macrogen (Corée du Sud)
• Société Novogene (Chine)
• Zymo Research (États-Unis)
• Diversigen (États-Unis)
• Microsynth AG (Suisse)
• BaseClear (Pays-Bas)
• ADN MR (États-Unis)
• Eurofins Scientifique (Luxembourg)
• NuGEN Technologies (États-Unis)
• Takara Bio (Japon)
• Swift Biosciences (États-Unis)
• New England Biolabs (États-Unis)
• CosmosID (États-Unis)

Quels sont les développements récents sur le marché mondial de la métagénomique basée sur le séquençage ?

• En juin 2025, Phase Genomics a lancé ses nouveaux packs ProxiMeta™ Starter et Elite, rendant la métagénomique à résolution génomique (Hi-C) beaucoup plus accessible grâce à des flux de travail complets combinant séquençage, bioinformatique et assistance clé en main pour accélérer l'analyse des communautés microbiennes dans les contextes de recherche humaine, environnementale et de santé publique.
• En avril 2025, Metabolon, Inc. a annoncé le lancement d'une solution complète de recherche sur le microbiome combinant le séquençage métagénomique, un nouveau panel de métabolites du microbiome et des outils bioinformatiques intégrés. Cette solution offre aux chercheurs une plateforme unifiée permettant de relier les données génétiques microbiennes aux données métaboliques (phénotypiques) pour une meilleure compréhension des communautés microbiennes.
• En février 2025, MGI Tech Co., Ltd. a lancé son nouveau package de séquençage par métabarcoding du microbiome (MMSP), basé sur ses plateformes DNBSEQ-G99 et DNBSEQ-E25. Cette solution simplifiée couvre l'extraction d'acides nucléiques, la préparation de banques, le séquençage et l'analyse, et vise à accélérer la recherche sur le microbiome à partir d'échantillons humains, environnementaux, agricoles et industriels.
• En avril 2024, Clinical Microbiomics (suite à sa fusion avec CosmosID) a lancé des services de séquençage long-read avancés couvrant les régions 16S, ITS, ARNr 18S, le séquençage de gènes personnalisés et la métagénomique complète. Ces services permettent une résolution et une qualité d'assemblage sans précédent pour les communautés microbiennes complexes et facilitent la reconstruction du génome au niveau de la souche.
• En juin 2022, Illumina, Inc. a finalisé l'acquisition d'IDbyDNA, une société spécialisée dans le séquençage métagénomique et la bioinformatique pour la surveillance des maladies infectieuses et des agents pathogènes. Cette acquisition renforce les capacités d'Illumina en matière de détection des agents pathogènes, de profilage de la résistance aux antimicrobiens et de flux de travail de métagénomique clinique à l'échelle mondiale.

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